藥學系系館原座落於醫學院北側，臨近徐州路之一棟二層樓建築，建於日治時代。歷經三十多年，一批又一批學生出入此樸實之黌宮中，對於過去經歷之教室、實驗室、研究室以及藥用植物園，系館前人行道旁春夏間密滿綠葉之楓樹，師生都懷念不已。1985年基礎醫學大樓籌建完成，本系遷入12樓及13樓，共約1200坪之新址。2013年升格為藥學專業學院後，全院各單位皆進駐水森館，本大樓為傑出校友許照惠博士(第13屆系友)捐建，此外，藥物化學實驗室則進駐於公共衛生學院大樓9樓。
