臺大藥學專業學院目前有文山藥園、水森館藥圃和林森新藥圃三處種植藥用植物，可供本院教學研究使用。現由李水盛名譽教授及梁碧惠教授帶領服務學習課程之學生共同維護，並認識藥用植物。

其中，文山藥園位於新北市石碇鄉小格頭段(自輔迪山莊下車，步行約35分鐘）、水森館分別在1樓及頂樓各有植栽、而2020年設立的林森新藥圃則坐落於林森南路與仁愛路交界處。

臺大藥學系創系之初，即因藥用植物學分類教學供學生實地見習之需而開闢「校內藥園」。長久以來在師生克難悉心培養維護下種植百種以上之藥用植物，藥園生氣盎然。不過隨著醫學院的整建，藥園地點如遊牧居民般到處遷移。最初藥園地點位於現今男二、女六宿舍，包括藥園、蔭屏暖室等共種有200多種植物，空中鳥瞰藥園排列成一「藥」字形狀，但後來因枝葉茂盛就看不太出來。1979 年因興建男二、女六宿舍搬遷到藥學館前面，面積只剩二分之一，只能維持最基本的教學材料。

1997 年藥園又因興建會議中心而搬遷到紹興南路、仁愛路口，成為「仁愛路藥園」。而仁愛藥園在2018年因紹南公辦更新案交由學校收回。直至2013年藥學大樓水森館落成後，李水盛老師於水森館一樓空地及頂樓，再現一些藥用植物。感謝2019年醫學院張上淳前院長協調醫學院及醫院舊有的汙水設備空間，讓較具規模及完整的新藥圃落腳於台北市精華地段林森南路與仁愛路交界處。現任醫學院倪院長在重整經費的支持，加上本系梁碧惠老師發揮他的社交網絡及帶領學生一起規劃及種植相關植栽，自2020年開始，為藥學系師生建立藥用植物種植的新場域。

本院院址所在的藥學大樓「水森館」，為傑出校友許照惠博士所捐建。規劃一樓跟頂樓作為藥圃使用，於2013年入駐水森館時由李水盛教授陸續種植。